CAFO vận hành bằng việc tối ưu hóa đầu ra để có lợi nhuận tối đa. Động vật bị nhồi nhét vào một khoảng không gian đông đúc khiến chúng không thể đi lại, dẫn đến việc chúng phải trải qua đau đớn cũng như là phải chịu những rủi ro về phát tán bệnh dịch.
Ngô thì rẻ đến nỗi CAFO sử dụng loại thực phẩm này để cho vật nuôi ăn bất kể là chúng có được tiến hóa để ăn ngô hay không. Thậm chí một loại cá ăn thịt như là cá hồi cũng đang được cho thích ứng với việc ăn ngô. Do gia súc cũng không thể ăn ngô một cách bình thường nên ở CAFO, chúng phải trải qua đau đớn từ mọi loại bệnh tật, và những loại bệnh tật này trầm trọng đến nỗi có thể làm ngạt phổi của một con bò, chứng ợ nóng thì gây viêm loét, bệnh về gan, và cũng làm suy yếu hệ miễn dịch.
Cách duy nhất để giữ cho động vật sống sót cho đến khi chúng được chế biến trong những điều kiện như vậy là bơm vào người chúng lượng lớn thuốc kháng sinh. Tuy nhiên, sử dụng thuốc kháng sinh quá liều để giữ những động vật đang bị ốm sống sót có thể dẫn để sự phát triển của những loại siêu vi khuẩn kháng thuốc kháng sinh, và những loại siêu vi khuẩn này cũng có khả năng hủy hoại loài người.
Nếu bạn nghĩ rằng đây đã là điều tệ nhất trong mặt tiêu cực của CAFO, thì khoan hãy kết luận. CAFO cũng gây ô nhiễm nước vùng hạ lưu do việc sử dụng hormone và kim loại nặng. Phân bón thì thường được sử dụng trên các trang trại công nghiệp, và loại hóa chất này có thể khuếch tán một cách dễ dàng một giống E. Coli mới và chết người, được sinh ra trong những điều kiện không đảm bảo vệ sinh đến mức nguy hại trong CAFO.
Đạo đức, môi trường và sức khỏe cộng đồng đều là mối bận tâm hạng hai của CAFO. Thứ mà CAFO thật sự nhắm tới là tối đa hiệu quả và lợi nhuận.